Родился в Москве, крещен в Богоявленском соборе. Отец граф Иван Алексеевич Мусин-Пушкин(1783-1836), мать княжна Мария Александровна Урусова (1801-1853). В 1847 г. окончил Пажеский корпус, произведен в корнеты и принят в Кавалергардский полк, где позже командовал эскадроном. Участник Венгерского похода (1849) и Крымской войны. В день коронации Александра II 30 августа 1856 г. пожалован званием флигель-адъютанта. 27 марта 1866 г. произведен в генерал-майоры с зачислением в Свиту Его Величества и вскоре назначен командиром Кавалергардского полка (07.09.1866 - 02.10.1873). В дальнейшем занимал высокие командные должности: начальник 2 гвардейской кавалерийской дивизии (18.12.1873 - 27.07.1875), начальник 1 гвардейской кавалерийской дивизии (27.07.1875 - 21.03.1881) с производством в генерал-лейтенанты (30.08.1876), командир 5 армейского корпуса (21.03.1881 - 18.07.1887), помощник командующего войсками Варшавского военного округа (18.07.1887 - 23.10.1890). 30 августа 1890 г. был произведен в генералы-от-кавалерии и вскоре назначен командующим войсками Одесского военного округа. Занимал этот пост до конца жизни.За многолетнюю службу был пожалован в генерал-адъютанты к Его Величеству (1874) и удостоен орденов Св. Станислава 1 ст. (1870), Св. Анны 1 ст. (1872), Белого Орла (1882), Св. Александра Невского с бриллиантами (1889), Св. Владимира 1 ст. (1894). 1 января 1901 года император Николай II пожаловал графу А. И. Мусину-Пушкину высший российский орден Св. Апостола Андрея Первозванного.
Вместе со своим братом Владимиром Ивановичем (1830-1896) он владел имением Борисоглеб в Мологском уезде с 3192 крепостных и площадью 66000 гектаров. Согласно разделу имущества с братьями и сестрой (29.11.1857) он получил имение Ивановское и село Всехсвятское в Мологском уезде.
С 1854 года женат на Ольге Александровне Пашковой (1835 - 1928). В браке родились дети: Александр (1856 - 1907), Иван (1857 - 1928), Елизавета (1859 - 1941), Софья (1862 - 1958), Сергей (1872 - 1880).
Скончался в Одессе.
Источники:
1.Список генерал-адъютантам, генерал-майорам Свиты Его Величества и флигель-адъютантам. Составлен по 1 сентября 1902 г. СПб.: Военная типография. 1902. С. 21
2. Федорченко В.И. Императорский дом. Выдающиеся сановники: Энциклопедия биографий: В 2 т. Красноярск: БОНУС; М.: ОЛМА-ПРЕСС, 2000. Т. 2. С. 89-90