Николай Александрович Бруни родился 20.09.(02.10) 1856 г. Сын архитектора Александра Константиновича Бруни. Н.А. Бруни первоначально учился на архитектора, посещая Академию художеств вольноприходящим учеником по архитектуре. Однако затем склонность к живописному ремеслу заставила его изменить семейной традиции, и в 1875 году после окончания гимназии он поступил в Академию художеств учеником по исторической живописи. В 1884 году за работу «Притча о богатом и Лазаре» был удостоен малой золотой медали. В 1885 году за программу «Овчая купель» по окончании Академии получил звание классного художника первой степени. С 1890 года преподавал в Центральном училище технического рисования барона А.Л. Штиглица. С 1892 года — надзиратель классов Академии художеств, в 1894 году назначен инспектором классов Высшего художественного училища при Академии. В 1906 году Н.А. Бруни был удостоен звания академика. С 1912 по 1917 г. заведовал мозаичным отделением Академии.
Работая как практический живописец, участвовал в росписи Храма-памятника Александра Невского в Софии.
Известно, что Н.А. Бруни также создавал проекты витражей. По его эскизу в мюнхенской мастерской Ф.К. Цеттлера в 1899 году создан витраж с изображением Воскресения Христова для церкви св. Александра Невского второго кадетского корпуса в Петербурге. В 2008 году он был извлечен из запасников научно-исследовательского музея российской Академии художеств в Петербурге. В 1905 году также по эскизу Н.А. Бруни в мастерской Х. Мюллер-Хиклера в Дармштадте был создан витраж для Великокняжеской Усыпальницы Петропавловского собора в Петербурге. Этот витраж погиб в годы Великой Отечественной войны: он был полностью разрушен взрывной волной. В 2006 году витраж воссоздан в петербургской мастерской А.И. Яковлева. Оба витража отражают православную традицию создания запрестольных икон с изображением Воскресения Христова и являются лучшими памятниками витражного искусства в России.
Николай Александрович был женат на Ольге Викторовне Бруни (Вульф), с которой познакомился в Академии художеств. Она была его ученицей. Ольга Викторовна тоже была талантливая художница. В 1960 г. ее внук Олег Викторович Бруни передал Рыбинскому музею ее автопортрет и медаль. Сыновья - Виктор и Николай Бруни - два брата-близнеца - окончили школу гардемаринов (морской кадетский корпус). Николай был офицером на корабле, расстрелян солдатами патруля в Петрограде в 1917 г. Виктор (1896-1936) - член Правления Рыбинского научного общества, с 27 января 1930 г. - председатель Рыбинского научного общества.
Николай Александрович Бруни последние годы жил в пансионате для престарелых ученых в Петергофе. Умер 19.12.1935 г. Похоронен на Смоленском православном кладбище.