Монастырь был основан в середине XIV в., как мужской. Первое известное упоминание датировано 1509 годом, когда угличский князь Дмитрий Иванович Жилка отказал монастырю поместье. Название получил в честь Святителей Афанасия и Кирилла Александрийских чудотворцев. С начала XVIII в. он начал беднеть и был приписан к Кассианову Учемскому монастырю. В 1727 крестьяне Веретейской волости писали челобитную, прося отменить это распоряжение. Был ликвидирован ранее 1764 года. На месте монастыря была открыта приходская церковь. В церкви осталась святыня монастыря — икона Богоматери, именуемая Тихвинскою, не являвшаяся точной копией Тихвинской иконы, так как была принесена в монастырь в 1377 г. мологским удельным князем Фёдором Михайловичем, за шесть лет до явления чудотворной иконы Богоматери в город Тихвин.
В 1795 г. на основании прошения бургомистра и городского головы г. Мологи было получено разрешение на возобновление упразднённого монастыря в качестве женского. Монастырь, оставленный на своём содержании без пособия из государственной казны, был открыт 25 апреля 1798 г. и был рассчитан на "пребывание 30 бедных вдов и престарелых девиц, посвятивших себя уединённой жизни". Приписан к Угличскому Богоявленскому девичьему монастырю. 20 ноября 1817 г. монастырь был приравнен к третьеклассным женским монастырям на собственном содержании.
В XIX в. в монастыре существовали следующие храмы: тёплая церковь в честь Святой Живоначальной Троицы, построенная в качестве приходской (до основания женского монастыря) в 1788 году с тремя престолами: Святой Троицы, Всех скорбящих Божией Матери и святых Афанасия и Кирилла, к которой позднее была пристроена четырёхэтажная колокольня; соборный храм в честь Сошествия Святого Духа на Апостолов, построенный в 1840 г.; в 1826 г. в башне на углу северо-западной части северного корпуса была построена приходская церковь Успения Пресвятой Богородицы; в 1891 г. на монастырском кладбище была построена церковь в честь Усекновения Главы св. Пророка Предтечи и Крестителя Господня Иоанна.
Монастырь также имел пять часовен:
1) близ Св. Ворот, в стене каменной монастырской ограды (1826 г.);
2) на дороге по Череповецкому тракту во имя Святителей Афанасия и Кирилла Патриархов Александрийских;
3) в г. Мологе на городской площади, выстроенную в 1846 г.;
4) в г. Рыбинске в Преображенском переулке в честь Тихвинской Божьей Матери, построенную в 1871 г.;
5) при селе Боронишине, построенную в 1866 г.
В 1912 г. в монастыре было, кроме вышеперечисленных, 12 каменных и 41 деревянное здание.
Общее количество земель и других угодий в 1912 г. достигало 330 дес. Монастырь имел свой приход, с общим количеством прихожан в 2 500 чел. из окрестных сёл и деревень.
В 1912 г. в монастыре проживали: настоятельница, казначея, 40 монахинь, 142 послушницы.
Первой настоятельницей монастыря была игуменья Евпраксия — костромская помещица, вдова Наталья Васильевна Шваничева, урожденная Гладкова. Последней — монахиня Августа, мещанка г. Мологи (в миру: Августа Ивановна Неустроева).
5 марта 1919 г. на базе монастыря была организована Афанасьевская женская трудовая община, возглавлявшаяся послушницей монастыря Ольгой Николаевной Самойловой.
В 1929 году имущество Мологской женской трудовой общины было конфисковано.
В 1931 г. в бывшие монастырские корпуса переехала Красногорская зональная селекционная станция, в связи с созданием в Молого-Шекснинском междуречье агропромышленного комбината по выращиванию семян луговых трав.
Все церкви и здания были перестроены. Такими они продолжали существовать до образования Рыбинского водохранилища.
(Более подробно см. Опочининские чтения. г. Мышкин, 1993 г., стр. 50, Н.М. Алексеев. Афанасьевский общежительный женский монастырь).
Читать далее