Было преобразовано с 1 сентября 1898 г. из Рыбинского городского 3-классного училища на основании разрешения попечителя Московского учебного округа от 21 августа 1898 г. На прохождение полного курса обучения по-прежнему отводилось шесть лет. Но курс первых двух классов продолжался по два года в каждом классе, а курс 3 и 4 классов - по одному году. Располагалось в том же здании на Крестовой улице, что и Рыбинское городское 3-классное училище. Учебный процесс возглавлял учитель-инспектор по назначению попечителя Московского учебного округа: в 1898-1907 гг. - А.А. Алалыкин, в 1907-09 гг. - Т.О. Екимов, с 1909 г. - А.А. Забелов. Почетным попечителем училища до 1903 года был рыбинский купец потомственный почетный гражданин К.Н. Лытиков, затем его сменил также рыбинский купец и потомственный почетный гражданин Н.И. Мыркин, с 1908 года почетным попечителем избирался рыбинский купец потомственный почетный гражданин М.А. Казаков.
В 1910 году плата за обучение была повышена до 10 рублей в год. Кроме уже существовавших в училище нескольких стипендий для малообеспеченных учеников, в 1904 году добавились пять стипендий имени наследника цесаревича Алексея Николаевича и в 1909 году - стипендия имени рыбинского купца потомственного почетного гражданина А.В. Жилова.
В 1903 году в связи с открытием в городе еще одного городского училища стало именоваться Рыбинским 1-м городским 4-классным училищем.
На основании Положения о высших начальных училищах от 25 июня 1912 было преобразовано в Рыбинское 1-е высшее начальное училище.